Postoji nekoliko različitih mrlja koje se mogu koristiti za vizualizaciju i fotografiranje DNA nakon što je materijal odvojen gelelektroforezom. Među mnogim izborima, ova pet sojeva najčešći su početak s etidij bromidom, koji je najčešće korišten. Kada radite s ovim procesom, važno je ne samo znati razliku između sojeva nego inherentnih zdravstvenih rizika.
01 Etidij bromid
Etiom bromid je vjerojatno najpoznatija boja koja se koristi za vizualizaciju DNA. Ova boja se može koristiti u smjesi gela, u puferu za elektroforezu ili za geliranje gela nakon njegovog izvođenja. Molekule boja se pridržavaju DNA trake i fluoresciraju pod UV svjetlom, pokazujući točno gdje su vrpce unutar gela. Unatoč prednosti, nedostatak je što je etidij bromid potencijalni karcinogen, pa se mora postupati s velikom pažnjom. Zbog potencijalnih zdravstvenih rizika rada s ovim gelom, pronađene su alternative. 02 SYBR Gold
SYBR Gold boja može se upotrijebiti za bojanje dvostrukog ili jednolančane DNK, ili za bojanje RNA. SYBR Gold je bio jedan od prvih alternativa etidij bromidu koji je pogodio tržište i smatra se osjetljivijom od etidij bromida. Boja pokazuje 1000 puta veću UV fluorescenciju nakon što je vezana za nukleinske kiseline. Tada prodire u guste i visoke postotne agarozne gelove i može se koristiti u formaldehidnim gelovima. Budući da je fluorescencija nevezane molekule toliko niska, destaining nije potrebna. Licencar Holding Molecular Probes također su (od lansiranja SYBR Gold) razvili i prodali SYBR Safe i SYBR Green koji su sigurnije alternative etidium bromidu.
03 SYBR Green
Mrlje SYBR Green I i II (ponovo, prodane Molecular Probesima) optimizirane su za različite svrhe. Budući da se vežu na DNK, oni se i dalje smatraju potencijalnim mutagenima i zbog toga bi ih trebali postupati s pažnjom. SYBR Green I je osjetljiviji za uporabu s dvostupanjskim DNA, dok je s druge strane SYBR Green II najbolje koristiti za jednostruki DNA ili RNA. Poput popularne mrlje Ethidium Bromide, ove vrlo osjetljive mrlje fluoresciraju pod UV svjetlom. 04 SYBR Sigurno
SYBR Safe dizajniran je da bude sigurnija alternativa za Ethidium Bromide i druge SYBR mrlje. Ne smatra se opasnim otpadom i općenito se može ukloniti kroz redovite kanalizacijske sustave (tj. Dolje odvod), jer testiranje toksičnosti ukazuje na to da nema akutne toksičnosti. Testiranje također ukazuje da postoji malo ili nimalo genotoksičnosti na embrionalnim sirijskim stanicama (SHE), ljudskim limfocitima, stanicama mišjeg limfoma i AMES testu. Boja se može koristiti s transiluminatorom plavog svjetla koji uzrokuje manje oštećenja DNA koja se vizualizira i nudi bolju učinkovitost za kasnije kloniranje. 05 Eva Green
Eva Green je zelena fluorescentna boja za koju je pronađeno da inhibira PCR u manjoj mjeri od ostalih boja. To ga čini vrlo korisnim za aplikacije kao što su kvantitativni real-time PCR. Također je dobar izbor ako koristite gelove s niskim talištem za oporavak DNA. Vrlo je stabilan pri visokim temperaturama i sama po sebi ima vrlo nisku fluorescenciju, ali je vrlo fluorescentna kada je vezan za DNK. Također je pokazano da Eva Green ima vrlo nisku ili nikakvu citotoksičnost ili mutagenost.